Alunos que estudam em escolas indígenas do Paraná também participam dos Jogos Escolares Bom de Bola 2016. Na categoria feminino A, para atletas de 15 a 17 anos, estão as equipes dos colégios estaduais Rio das Cobras, de Nova Laranjeiras, e Sérgio Krigrivaja Lucas, de Cândido de Abreu.